Shopify vie len to, čo mu poviete. Vrátený tovar, ktorý sa nikdy nevrátil na regál, poškodené kusy odložené bokom, zámeny pri vychystávaní a preklepy pri príjme – to všetko vzďaľuje číslo v administrácii od toho, čo je na regáli. Keď je príliš vysoké, predávate tovar, ktorý nemáte; keď je príliš nízke, produkty sa zobrazujú ako vypredané, hoci kusy ležia v sklade.
Opravovať to produkt po produkte v administrácii Shopify je pomalé a ručné vypĺňanie inventárneho CSV zo Shopify podľa papierových inventúrnych hárkov vracia späť chyby z prepisovania.
Shopify dokáže aktualizovať zásoby importom CSV. Chýba len čistý zoznam čiarových kódov a spočítaných množstiev, ktorý do tohto CSV zlúčite.