Shopify знает только то, что вы ему сообщаете. Возвраты, так и не вернувшиеся на полку, отложенный повреждённый товар, путаница при комплектации и опечатки при приёмке — всё это уводит число в админке от того, что лежит на полке. Если оно завышено, вы продаёте товар, которого нет; если занижено, товары показываются распроданными, хотя единицы лежат на складе.
Исправлять остатки по одному товару в админке Shopify долго, а заполнение CSV запасов Shopify вручную по бумажным счётным листам возвращает ошибки ввода.
Shopify умеет обновлять запасы через импорт CSV. Не хватает аккуратного списка из штрихкода и посчитанного количества, который можно перенести в этот CSV.