Shopify sa solo ciò che Lei gli comunica. Resi mai tornati a scaffale, articoli danneggiati messi da parte, scambi in fase di prelievo ed errori di battitura al ricevimento allontanano il numero nel Suo pannello di amministrazione da ciò che c'è sullo scaffale. Quando il dato è troppo alto, vende merce che non ha; quando è troppo basso, i prodotti risultano esauriti mentre le unità restano in magazzino.
Correggere prodotto per prodotto nel pannello di Shopify è lento, e compilare a mano il CSV dell'inventario Shopify partendo da fogli di conteggio cartacei reintroduce gli errori di battitura.
Shopify può aggiornare l'inventario da un'importazione CSV. Manca un elenco pulito di codici a barre e quantità contate da unire a quel CSV.