Shopify wie tylko to, co mu Państwo przekażą. Zwroty, które nie wróciły na półkę, uszkodzone sztuki odłożone na bok, pomyłki przy kompletacji i literówki przy przyjęciu towaru oddalają liczbę w panelu od tego, co leży na półce. Gdy jest za wysoka, sprzedają Państwo towar, którego nie mają; gdy za niska, produkty są oznaczone jako wyprzedane, choć sztuki leżą w magazynku.
Poprawianie stanów produkt po produkcie w panelu Shopify trwa długo, a ręczne wypełnianie pliku CSV zapasów Shopify na podstawie papierowych arkuszy spisowych przywraca błędy przy przepisywaniu.
Shopify potrafi aktualizować zapasy z importu CSV. Brakuje czystej listy kodów kreskowych i policzonych ilości, którą można przenieść do tego pliku.